Defekt přepážky síní nastává, pokud se správně nevyvíjí septum primum a septum secundum v embryonálním vývoji mezi pravou a levou předsíní srdce. Dochází k míchání odkysličené krve s okysličenou krví. Zatímco menší defekty tohoto typu nemusí způsobit žádný problém a příznaky, ty větší o sobě dají vědět různými symptomy. Tento typ defektu se nejčastěji odhaluje až v dospělosti, obvykle u lidí nad 30 let. Někdy jsou takové defekty i součástí jiných onemocnění, ať už deformací tvaru srdečních chlopní, nebo různých genetických syndromů.
Defekt přepážky komor může být vrozený, ale někdy také získaný. Jde o závažnější problém, který se obvykle objeví již v dětském věku. V dětském věku může vzniknout na základě problémů matky v těhotenství, v dospělosti například jako následek infarktu myokardu. Při tomto defektu je tendence v případě malé trhliny k jejímu samovolnému uzavření. Tento defekt způsobuje také levo-pravý zkrat a většinou bývá doprovázen poruchami srdečního rytmu a dýchání.